运动生涯
2008年，林慧君在参加中日韩三国田径对抗赛上，林慧君以优异的成绩夺得女子百米冠军和女子200米的冠军。
2009年1月，在新加坡举行世界青少年田径锦标赛上， 夺得女子百米季军。
2013年6月8-12日，在斯里兰卡首都科伦坡举行的第15届亚洲青年田径锦标赛上，她再获女子200米冠军和百米亚军。
2014年10月2日，代表中国队参加韩国仁川亚运会女子4×100米接力决赛，中国队以42秒83秒夺冠，并打破了该项目的亚运会纪录。
2014年10月11日下午15：35，在江苏省苏州市举行的全国田径锦标赛女子200米决赛中，以23秒59的成绩夺得冠军。该成绩也比全国田径冠军赛暨大奖赛总决赛23秒62的成绩提高了0.3秒。
2015年5月3日，在国际田联接力世界锦标赛女子4×200米中，由梁小静、林慧君、袁琦琦和孔令微组成的中国队夺得第四名，并打破了由日本队保持30年之久的亚洲纪录。
2016年全国室内田径锦标赛第三站-西安站，女子60米，林慧君以7秒44获得亚军。
2016年5月8日，在日本川崎进行的田径黄金挑战赛中，林慧君以23秒92获得女子200米第三名。
2016年8月，她代表中国队参加里约奥运会田径项目女子4×100米接力比赛。
2017年全国田径锦标赛暨全运会预选赛5月16日至19日在济南奥林匹克体育中心体育场举行。代表福建队参赛的选手林慧君在女子200米决赛中，以23秒79的成绩夺得铜牌。
2017年7月，2017年亚洲田径锦标赛女子4×100米接力，中国队（孙丰艳、孔令微、林慧君、冯璐璐）以44秒50获得亚军。
2017年9月7日，在天津奥林匹克中心体育场进行的第十三届全运会田径比赛中，女子方面葛曼棋/林慧君/蒋兰/袁琦琦组成的苏闽湘队以42秒59获得女子4X100米冠军。
2018年3月8日，福建队选手林慧君在2018全国室内田径锦标赛（南京赛区）女子200米决赛中。最终，她以24秒06的成绩获得冠军；3月25日，在2018全国室内田径锦标赛总决赛女子200米决赛中，林慧君以23秒71的成绩收获亚军；5月24日，2018年全国田径大奖赛第四站-重庆站，林慧君以23秒55获得女子200米冠军；6月17日，2018年全国田径冠军赛暨大奖总决赛，林慧君以23秒91获得女子200米亚军。8月6日，2018年全国短跑、跨栏、跳跃和接力项群赛第二站赛事继续在大连进行，林慧君以11秒82获得女子100米冠军。
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